Truyện Sọ Dừa cũng được Bộ Giáo dục và Đào tạo đưa vào chương trình đọc thêm của sách giáo khoa Ngữ Văn lớp 6.

Vào tháng 3 năm 2015, một ấn bản truyện Sọ Dừa bị phát hiện biến tấu "sọ dừa" thành "sọ người".[2][3][4] Cụ thể, nhân vật người mẹ lên rừng chặt củi, khát nước nên bà đã uống nước trong sọ người. Bên cạnh lời văn, truyện tranh cũng miêu tả kèm hình ảnh người phụ nữ cầm một cái đầu lâu trên tay. Thời điểm phát giác, truyện do nhà xuất bản có tên Hồng Đức ấn hành, mỗi tập, bao gồm cả tập truyện Sọ Dừa, được in khoảng 1.000 cuốn, nộp lưu chiểu cuối năm 2013. Kết cục, nhà xuất bản bị phạt 45 triệu đồng vì lý do không có nguồn gốc hợp pháp, đồng thời buộc phải thu hồi và tiêu hủy toàn bộ truyện đang có trên thị trường. Sự việc cũng gây nên những tranh cãi trong việc kiểm duyệt nội dung các văn hóa phẩm cho thiếu nhi.